La ville d’Aléria a été fondée par les Phocéens en 565 av. J.-C sous le nom d’Alalia, puis ce succède les Etrusques et les Cartagénois. En 259 av. J.-C, les Romains prennent la ville et transforme son nom en Aléria.
Elle constitua pendant près de sept siècles le cœur de la romanisation de la Corse en servant de base opérationnelle stratégique permettant d’accéder aux autres lieux importants de la côte et de l’intérieur, ainsi que de lieu d’exil pour les opposants politiques (Sénèque, pour l’éloigner de Rome, y séjourna sous la surveillance du gouverneur de l’île).
C’était aussi un port commercial (la mer à cette époque était beaucoup plus prêt qu’à l’heure actuelle) d’expédition de minerais, d’huile, de liège, de laine et de vin vers Rome.
C’est Prospère Mérimée qui repéra le site en 1840 et aujourd’hui le musée est abrité au sein du Fort de Matra construit pas les génois à partir du XIVe siècle.
De très nombreux objets issus de plusieurs campagnes de fouille y sont exposés permettant la compréhension non seulement de la Corse préhistorique et antique, mais aussi pour connaitre les civilisations du bassin de la Méditerranée.
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